jest to jedna z wersji genu w określonym miejscu (locus) na danym chromosomie homologicznym. Allele tego samego genu różnią się jednym lub kilkoma nukleotydami. Występowanie więcej niż jednej wersji danego genu określa się jako polimorfizm. Dzięki zdegenerowaniu kodu genetycznego tylko część tych różnic przekłada się na różnice w budowie kodowanych białek. Powoduje to zróżnicowanie właściwości cząsteczek białka kodowanego przez różne allele jednego genu.
Allele mogą być dominujące (oznaczany zwyczajowo wielką literą i kursywą: A) lub recesywne (oznaczany: a). W heterozygocie efekt działania allelu dominującego sprawi, że obecność allelu recesywnego nie będzie manifestowała się (fenotyp dominujący). Obecność alleli recesywnych uwidacznia się tylko przy braku alleli dominujących. Allele mogą też być kodominujące, jak to jest w przypadku grup krwi. Przyjęto, że allele jednego genu oznacza się różnymi wariantami tej samej litery: A i a, IA, IB, i0 itp. W puli genowej populacji na ogół występuje wiele alleli tego samego genu.